Ist ein Aquarium neu eingerichtet, läuft es noch nicht biologisch stabil, weil die notwendigen Bakterienpopulationen noch nicht in ausreichender Menge vorhanden sind. Die Grundlage zu diesem Vorgang - die Nitrifikationskette - ist auf dieser Seite näher beschrieben.
Diese Bakterien bilden sich im Laufe der Zeit selbst, wenn genügend Nährstoffe vorhanden sind, das "Heranzüchten" genügend großer Populationen wird gemeinhin als "einfahren" oder "einlaufen lassen" eines Aquariums bezeichnet.
Grundsätzlich ist es nicht notwendig, künstlich Bakterien in ein neues Aquarium einzubringen, um den Vorgang zu beschleunigen, kann es sich jedoch empfehlen, bereits bestehende Bakterienpopulationen aus bereits funktionierenden Aquarien zu übertragen (ein sogenanntes "Animpfen" des neuen Aquariums). Dafür eignen sich Pflanzen, Teile des Bodengrundes, Einrichtungsgegenstände oder auch Filterschlamm, die von bereits eingelaufenen Becken in das neue Aquarium übertragen werden.
Während des Einlaufens gibt es zwei sogenannte "Peaks", also Konzentrationsspitzen der oben beschriebenen Stoffe: Einen Ammoniumpeak und einen Nitritpeak. Nach diesen Peaks nimmt die Konzentration der jeweiligen Stoffe wieder ab, sie werden bis hin zu Nitrat umgewandelt, wenn die Bakterien eine ausreichend kritische Menge erreicht haben, also die Populationen gewachsen sind.
Damit sich die Bakterien ausreichend vermehren können, benötigen sie Nährstoffe, genauer gesagt Eiweisse, die zugeführt werden müssen. Hierfür eignen sich Fischfutter (Flockenfutter) oder Futterpellets, es sind sogar sehr hart gesottene Aquarianer bekannt, die Fleischstücken dafür ins Becken geben, was allerdings aufgrund der potentiellen Geruchsentwicklung nicht in Wohnräumen zu empfehlen ist.
Das Bakterienwachstum selbst kann nicht direkt beobachtet werden, dafür muss die indirekte Methode der Messung der jeweiligen Stoffwechselprodukte mittels Wassertests (Ammonium, Nitrit, Nitrat) herangezogen werden. Die entsprechenden Messungen sollten regelmäßig durchgeführt werden (täglich, ggf. mehrmals täglich, wenn bereits Tiere in dem Aquarium sind, da die ersten Zwischenprodukte schädlich sein können!).
1. Phase - Ammoniumanstieg
Werden dem Aquarium Nährstoffe zugeführt, ist innerhalb weniger Tage ein messbarer Anstieg des Ammonium- / Ammoniakwertes zu verzeichnen. Das bedeutet, dass die erste Gruppe von Bakterien anwächst und das eingebrachte Eiweiss bzw. der darin gebundene Stickstoff umgewandelt wird.
Nitrit und Nitrat sind während dieser ersten Phase in der Regel nicht nachweisbar, da sich die dafür notwendigen Bakterien erst später in ausreichender Menge bilden.
2. Phase - Nitritanstieg / Nitritpeak
Im zweiten Schritt wachsen Bakterien, die auf das Ammonium als Nahrung angewiesen sind. Diese erzeugen daraus Nitrit. Der Ammonium-/Ammoniakwert kann währenddessen weiter steigen, sinkt allerdings später wieder; der Ammoniumpeak ist an der Stelle überwunden. Nitrat hingegen ist während dieser Phase noch nicht messbar, weil sich die hierfür verantwortlichen Bakterien wiederum erst noch ausreichend vermehren müssen.
Zum Nitritpeak kommt es, wenn diese Stufe erreicht ist. Die Nitritkonzentration im Aquarium ist zu dieser Zeit am höchsten, der Ammoniumwert sinkt weiter bis auf einen nicht mehr nachweisbaren Wert.
3. Schritt - Nitratanstieg
Im abschließenden Schritt ist die nitritverwertende Bakterienpopulation aus dem zweiten Teil so weit angewachsen, dass das vorhandene Nitrit in Nitrat umgewandelt wird. Die Nitritkonzentration sinkt, die Ammoniumkonzentration ebenfalls bzw. ist im Idealfall schon nicht mehr nachweisbar. Die Messwerte für Nitrat steigen beständig an, da Nitrat im Normalfall nicht weiter abgebaut wird und durch Wasserwechsel aus dem Aquarium entfernt werden sollte.